Muszę się nie zgodzić. W zależności jak się przeczyta słowo nabiera ono innego znaczenia:
np.
les [le] - "e" fermé, czyli takie wypowiedziane w uśmiechu
le [ly] - "y" to "e" muet, czyli coś w stylu polskiego "y"
itd.
Więc nie można tu mówić o wyborze między "y" a "e" - w słowach "le", "que" i "ne" może być tylko "y".
A żeby wychwycić, ze słuchu:), wymowę słów zapraszam na stonkę:
http://www.francuski.ang.pl/forumnw.php?IDp=91535