Sur internet, on trouve à peu près autant d'appellations 'université Jagellon' (sur le site de l'Unesco par exemple) que d'appellations 'université jagellone'.
Toutefois, je peux certifier qu'en France, lorsqu'on donne le nom d'un personnage illustre à un établissement, quel qu'il soit, JAMAIS on ne modifie le nom de ce personnage.
Ainsi, si les Français décidaient un jour d'honorer un roi dénommé Jagellon en donnant, par exemple, son nom à une bibliothèque installée en France, cette bibliothèque s'appellerait 'bibliothèque Jagellon'.
La dénomination 'université Jagellone', manifestement, est un compromis pour essayer de respecter les dénominations en usage en Pologne.
Toutefois, j'avoue ignorer si le nom 'Jagellon' peut s'orthographier en France 'Jagellone'. Si c'était le cas, on pourrait alors écrire 'université Jagellon' ou 'université Jagellone' sans déroger aux règles qui s'appliquent en France.
Cordialement